PDFツケメン大王OSX自体には制限はございません。
InDesignは9999ページが最大だったと記憶しておりますが、
実際には、貼り込むファイルの容量などによりページ数は最大ページ数
より下回ります。
またPDFツケメン大王OSXも含め、Macのメモリ容量などにより途中で
フリーズや、思わぬ結果になる場合があります。

あくまでも作者の個人的な経験則ですので絶対ではありませんが、InDesignのページ数を500ページ程度に抑えるのが無難かと思われます。
これ以上になると、作業時間が大幅に伸びたり問題が起きやすくなるようです。